Финансовый институт начал работу в 1990 г. на паевой основе. Он возник в результате преобразования Красноярского отделения Промстройбанка. С 1993 г. он функционирует в форме акционерного финучреждения. В 1996 г. ему была предоставлена генеральная лицензия Банка России на ведение банковской деятельности.
По информации фининститута, до 1998 г. он располагал более 30 филиалами в регионах и обширной клиентской базой, включавшей в себя свыше 190 тысяч частных лиц.
В 2001 г. началось активное развитие его розничного бизнеса. В течение года его объем депозитов физлиц увеличился более, чем в два раза. Тогда же он запустил эмиссию банковских карт платежной системы «Золотая Корона». С системой MasterCard он оформил сотрудничество в 2006 г.
В 2014 г. его организационная форма сменилась на ПАО. В 2005 г. он присоединился к системе страхования вкладов.
В 2005 г. акции банковской организации были приобретены Конверсбанком в соответствии с целью образования банковской группы. Доля нового акционера в капитале превышала 55%. В 2006 г. к группе присоседились 3 приобретенных кредитных учреждения – екатеринбургский Гранкомбанк, Интерпрогресс (Москва) и Инвестбанк (Калининград). Следует отметить, что один из них – Интерпрогрессбанк – уже в 2007 г. был продан физическим лицам.
В списке участников группы значились и зарубежные банковские структуры – британский Conversbank, литовский Bankas Snoras и латвийский Latvijas Krajbanka. В 2008 г. к приобретенному Инвестбанку были присоединены Конверсбанк, Воронежпромбанк и Гранкомбанк.
В 2014 г. было решено присоединить к «Енисею» финансовые учреждения «Балтика» и «Н-Банк». Однако одно из них впоследствии отказалось от слияния – в 2015 г. руководство «Балтики» объявило об изменении своего решения. Позднее, в 2015 г., этот фининститут утратил лицензию. В прошлом в капитале «Енисея» участвовали акционеры этого банковского учреждения О. Черняк и В. Мазуров. О. Черняк занимала пост его председателя правления и состояла в совете директоров. Присоединение «Н-Банка» к «Енисею» успешно завершилось в том же году.
В 2015 г. банковская организация продемонстрировала существенный рост активов (более 72%); их размер составил 5,2 миллиарда рублей. В этот период более, чем на 80% увеличилась доля вкладов физлиц, а рост объема средств юридических лиц превысил 90%. Вместе с этим, отмечается сокращение объема межбанковских кредитов, привлеченных фининститутом.
Главный офис банковской организации базировался в Красноярске. Располагал 1 филиалом, находящимся в Москве, и 26 офисами, 7 из который действовали в Калининграде. В начале 2016 г. ее штат персонала насчитывал порядка 700 сотрудников.
